Sus padres estaban convencidos de que lo que necesitaba aquel niño era un serio castigo para que aprendiera disciplina. Yamato no paraba de tirar piedras a las personas y a los coches que se cruzaban por su camino.
Mientras volvían en el coche por una zona montañosa, le ordenaron que bajase y siguieron su camino. Cinco o diez minutos más tarde, volvieron a buscar al pequeño de 7 años para ver si éste había aprendido la lección.
Los padres descubrieron con horror que el niño ya no estaba en el lugar en el que, hacía apenas unos minutos, lo habían dejado. Asustados, avisaron a la policía. La vergüenza que sentían por el castigo que le habían impuesto a su hijo impidió que, en un primer momento, contaran la verdad. Declararon que el pequeño se había perdido cuando estaban buscando setas por el bosque. Más tarde reconocieron que habían dejado a Yamato Tanooka solo como castigo.
La policía japonesa ha movilizado a más de un centenar de miembros de los servicios de emergencias para encontrar al niño, que lleva desaparecido tres días.